Prachovské skály a jejich okolí jsou místem s bohatou historií. Počátky osídlení lze dohledat do starověku - nalézáme zde doklady o pobytu lidí z mladší doby kamenné, na plošině, která nese název Starý hrádek sledujeme osídlení od doby bronzové, kdy zde byla založena osada. Z místa osídlení pocházejí nálezy bronzových spon. Lze tu dohledat i stopy po osídlení Kelty.
V období osídlení skal Slovany pochází rozsáhlý systém opevnění skalního města - celá krajina byla obehnána systémem valů, na některých místech jsou doložené stopy po rozsáhlých požárech, které dokazují dobytí skalního opevnění. Podle keramiky je požár datován do 10. století, tedy do doby, kdy Přemyslovci upevňovali svoje postavení v české kotlině.
Ve 12. století byl na blízkém čedičovém vrcholku založen královský hrad Veliš a Prachovské skály se staly součástí Velišského panství. Hrad nezůstal dlouho v majetku panovníka - již roku 1277 ho získávají Vítkovci náhradou za zabavenou Hlubokou, po nich Vartenberkové, krátce patřil hrad i králi Jiříku z Poděbrad, Oldřichu z Rožmberka, Trčkům z Lípy atd. Počátkem 17. století panství získává Albrecht Eusebius Valdštejn. Ten učinil z blízkého Jičína sídlo svého dominia. Podle dochovaných záznamů v té době v Prachovských skalách existovaly dvě osady - Zadní a Přední Moravsko. Ves Prachov ještě neexistovala, na jejím místě byla osada Valy, pojmenovaná podle zbytků pravěkého opevnění.
Po Valdštejnově smrti v roce 1634 (zavražděn v Chebu) získává Velišské panství Jindřich hrabě Schlik a Velíšské panství se stává součástí majetku tohoto významného rodu.
Schlikové byli původně Chebská měšťanská rodina. Panského stavu dosáhli v roce 1437, kdy císař Zikmund Lucemburský a později i Albrecht II. Habsburský a další povýšili do panského stavu Kašpara Schlika, kancléře císaře Zikmunda.
Rod zbohatl v dalších generacích, když se na jejich panství v Jáchymově objevily stříbrné rudy. Schlikové v Jáchymově založili mincovnu, razili zde mince, zvané joachimsthaler - jáchymovské tolary.
Finanční potíže Habsburků , jmenovitě Ferdinanda I. donutily panovníka již v roce 1534 po vojenské akci omezit vliv Schliků na ražbu mincí a roku 1545 byli Schlikové donuceni postoupit právo těžit stříbro panovníkovi. Tím se dostali do opozice vůči Habsburkům, což vyvrcholilo v roce 1620, kdy se postavili do čela stavovského povstání.
Po prohrané bitvě na Bílé Hoře (1620) byl Jáchym Ondřej Schlik jako jeden z vůdců popraven v roce 1621 na Staroměstském náměstí jako první z dvaceti sedmi českých pánů.
Jindřich Schlik, jeho bratranec, plukovník, v bitvě na Bílé Hoře velel pluku Moravanů. Vítězní císařští Jindřicha Schlika zajali, ale na rozdíl od jeho bratrance mu jako profesionálnímu vojákovi nabídli službu u císařského dvora, přestane-li hájit zájmy protestantů. Jindřich Schlik se stal katolíkem, povýšil na generála a prezidenta dvorské válečné rady. Velíšské panství s Prachovskými skalami dostal v roce 1637 jako služné.
Prachovské skály se staly součástí opevnění rakouských vojsk i v roce 1866, kdy zde podle rakouských plánů měla být svedena rozhodující bitva. Pruské vojsko však postupovalo rychleji, než rakouští velitelé předpokládali. Dne 29. června 1866 došlo k prvním střetům, rakouské velení však bylo zcela dezorientované a nepřipravené. Po několika hodinách bojů byl rakouským vojskům doručen rozkaz k ústupu, nedostal se však ke všem jednotkám. Část vojska se stáhla, zbytek byl rozdrcen na ztracených, marně hájených opevněních.
Památku této nešťastné bitvy připomíná řada místních pojmenování (rybník Vražda, pole Na zabitých) a pomníčků v Prachově, Horním Lochově, Jinolicích, Kněžnici a jinde.
